Моралес назвал события "гражданским государственным переворотом", но заявил, что уходит ради стабильности в стране.
К отставке привели массовые протесты, вызванные недовольством выборами президента, которые состоялись 20 октября.
На выборах Моралес набрал 47,1% голосов, а его главный оппонент, бывший президент Карлос Меса - 36,51%.
Моралес утверждал, что победил в первом туре и получил мандат на четвертый президентский срок.
Это шло вразрез с результатами референдума 2016 года, запретившего ему занимать этот пост в четверый раз.
В воскресенье международные наблюдатели заявили о нарушениях на выборах. Представители Организации американских государств, проводившей аудит выборов, обнаружили поддельные подписи и массовые манипуляции с результатами.
После этого в отставку ушли влиятельные союзники власти, в том числе министр горной промышленности и лидер нижней палаты парламента, а генеральная прокуратура заявила о расследовании действий Высшего избирательного трибунала республики.
Президент согласился провести досрочные выборы и сменить состав избирательного органа, но несколько часов спустя объявил об отставке в телеобращении к стране.
Моралес правил страной на протяжении почти 14 лет и был первым в истории этническим индейцем во главе республики.
Источник: BBC.com